Inför Riksbankens 300-årsjubileum beslutade riksdagen att avsätta pengar i en stiftelse för att främja ”ett angeläget nationellt ändamål”. RJ grundades för att stödja svensk forskning, men det var först 1988 som stiftelsen blev en självständig finansiell aktör och startade en aktiv förvaltning av sin förmögenhet. Senare fick RJ en ytterligare donation, Kulturdonationen, i samband med utskiftningen av löntagarfonderna 1993. Jubileumsdonationen 1962 uppgick till 250 miljoner kronor, men urholkades under 1970- och 80-talen. Det medförde att Riksbanken tillförde ytterligare kapital och 1988 uppgick den totala donationen från Riksbanken till 1,5 miljarder kronor. Den bedömdes då motsvara det reala värdet av den ursprungliga donationen på 250 miljoner kronor. Kulturdonationen var på 1,5 miljarder kronor och tillsammans har fonden idag (november, 2007) ett värde på ca 10 miljarder kronor.
Fondens förmögenhet förvaltas internt, med undantag för fastighetsförvaltningen och en mindre del placerat externt i hedgefonder. Under tidens gång har förvaltningsmålen justerats. Från starten hade RJs finansavdelning som mål att minst värdesäkra kapitalet realt. Detta ändrades 1997 till att avse en real avkastning, det vill säga bruttoavkastning minus inflation, på 5 procent över tiden. För att kunna hålla en jämn nivå på forskningsanslagen eftersträvas sedan 2003 en avkastning i förvaltningen på 4 procent realt över tiden. Detta mål innebär att värdet på fondens förmögenhet bibehålls, och RJ ges förutsättningar att aktivt främja och stödja den vetenskapliga forskningen på lång sikt. Sedan starten för den aktiva förvaltningen har de mål som satts upp i genomsnitt överträffats med goda marginaler. I tabellen nedan visas måluppfyllelsen i förhållande till de mål som satts upp under respektive period.
| Period | Realavkastning i genomsnitt per år | Mål |
| 1989-1996 | 6,9% | Minst realvärdesäkra kapitalet |
| 1997-2002 | 9,9% | 5 % realavkastning |
| 2003-2008 | 5,7% | 4 % realavkastning |
Förvaltningens goda resultat har bidragit till att RJ har kunnat utveckla sin verksamhet för att stödja svensk forskning. Forskningsanslag från RJ såsom en självständig finansiell aktör beviljades för första gången 1989 och sedan dess har anslag om totalt omkring 4 miljarder kronor delats ut. Diagrammet nedan visar fördelningen av forskningsanslag för respektive år.
Inom kapitalförvaltning utgör fördelningen mellan olika tillgångsslag ett viktigt inslag. Inom RJ har fördelningen varierat över tiden utifrån rådande omständigheter. De senaste fem åren har fördelningen i genomsnitt varit 47 procent i aktier, 40 procent i räntebärande, 8 procent i fastigheter och 5 procent i alternativa placeringar. Diagrammet nedan visar hur fördelningen mellan olika tillgångsslag i portföljen har varierat över tiden.
För en mer ingående beskrivning av RJs finansförvaltning och dess resultat genom tiderna hänvisas till den årliga Årsberättelsen.