De avgörande kriterierna vid RJ:s beslut är den vetenskapliga kvaliteten och projektets genomförbarhet. Projekten bedöms och prioriteras i en eller flera av RJ:s mångvetenskapliga beredningsgrupper som består av svenska och internationella forskare. 

I andra omgången granskas varje utvecklad ansökan av externa sakkunniga vars utlåtanden tas med i beredningsgruppernas bedömning. Formellt beslut fattas av RJ:s styrelse. Ingen motivering till beslutet ges, men de externa sakkunnigas skriftliga utlåtanden skickas till alla som har gått vidare till andra omgången.